现代医学即通常说的西医学，在约1840年之时德国医学界首创将科学实验室方法导入医学界，对于急性病症成效极佳，正式成为现代化医学的起点。 现代医学的研究领域大方向包括基础医学、临床医学、检验医学、预防医学、保健医学、康复医学等等。
《说文解字》中对“醫”字的解释是：“治病工也。殹，恶姿也；医之性然。得酒而使，从酉。”[2]意为生病的人身体会有不适，而酒能治病，便得到“醫”字。
医学的历史十分悠久，所有人类社会都有医学主题——生老病死。历史上，病的出现通常视为恶魔、巫师的诅咒、神的旨意或其他奇怪的原因。就算在科学进步的今日，依然有人抱着这个想法。
起源
中、西医学的起源大致相同。主要包括：
①救护、求食的本能行为。
如动物受伤会舐其伤口、遇热会避入水中，人与动物一样有着本能救护。人类的求食本能在寻找食物时，逐渐发现了葱、姜、蒜、粳米、薏米等虽为食物或调味品，却具有治病作用。
②生活经验创造了医学。
先古人类通过劳动制造出利器，从而产生了砭石、骨针等医疗器具，逐渐掌握了运用工具治疗疾病的经验。与此同时，人们发现活动肢体可以舒筋活络，强身健体，“导引术”、“五禽戏”的形成，也是古代人们积累生活经验后产生的保健养生观。
③医、巫的合与分。由于原始人受制于智力尚未开化，
对自然界的变化以及宇宙间的一切反常现象，心存恐惧，难以做科学、合理的解释，因而误以为有超自然的力量主宰其中。故巫、医合流曾是中、西医学共有的一段历史。在中医学的历史进程中，“祝由”术沿袭数千年，属于元明临床“十三”科之一，但以医学为目的的解剖可追溯到公元11年(西汉王莽新朝三年)，是中国古老的实证医学萌芽。由于儒、释、道三教合流所形成的中国文化格局，“重道轻器”衍生出的务虚倾向，重体悟而疏实证，必然缺少逻辑推理，致使中国的实证医学成就在日后难以与西方医学同日而语。古埃及医师运用念咒、画符和草药治病，前二者就是巫医。西医在古希腊时期就开始医巫分家，亚里士多德曾详细描述了动物的内脏和器官，古希腊医学最高成就的代表人物希波克拉底将唯物主义哲学运用于医学之中，在《论圣病》中说：“被人们称为‘神圣的’疾病(指癫痫和一些精神患者)，在我看来一点也不比其他病症更神、更圣，与其他任何疾病一样起源于自然的原因。只因这些病症状奇异，而人们对它们又一无所知，充满疑惑，故而将其原因和性质归之于神灵。”亚里士多德所创立的唯物主义医学体系，加快了医学科学化的进程。
④轴心时代中、西医学的峰巅之作。
雅斯贝而斯曾说：“如果历史有一个轴心，那么我们就必须将这轴心作为一系列对全部人类都有意义的事件，发生于公元前800至200年间的这种精神历程似乎构成了这样一个轴心。非凡的事件都集中发生在这个时期。并且是独立地发生在中国、印度和西方”。这一阶段，是东、西方哲学、科学、文化发展的重要时期。此时诸子蜂起，儒家、墨家、道家、法家学派林立，形成了空前绝后的学术繁荣局面，对中华文化的发展起了奠基作用；处在古典希腊文明的开创时期，出现了德谟克利特、费底亚斯、阿基米德、苏格拉底等哲人和智者。在东、西方科学和文化昌明的大背景下，《黄帝内经》和《希波克拉底全集》代表着中、西两座医学的峰巅之作便自然而然的诞生了。《内经》的问世，标志着中医学已从简单的临床经验积累，升华到系统的理论总结。关于《希波克拉底全集》，意大利著名医史学家卡斯蒂格略尼认为：“是自然科学几乎没有萌芽的时代，在医术上具有先进性的最宝贵的代表文献。希波克拉底学派的医学虽然在解剖学、生理学、病理学的知识上有缺陷，虽然只是很少而粗略地研究过动物，但是它主要是建立在临床实验和哲学推理的基础上，终能使医学提高到难以超过的高度。这是历史上最有意义的现象之一，并可能是最重要的，因为它说明通过经验，实际观察和正确的推理，可以得到极有价值的宝贵材料，他的确解决了医学历史上具有决定性倾向的开端。”比较《黄帝内经》和《希波克拉底全集》，二者的理论建构有诸多相似之处：废巫存医、整体观念、调节平衡、哲学思辩、临床实践。其中《黄帝内经》强调以五脏为中心的整体观，从外测内，可以不依赖解剖形态学而照样诊治疾病。其理论体系是自洽的，难以突破；《希波克拉底全集》虽然没有系统的解剖学和生理学等基础知识，但却强调具体的解剖结构，为医学的实证开了先河。这些差异为中、西医学的日后分向而行埋下了伏笔。[3]
药草学
尽管没有确切的记录表明什么时候植物开始被使用在医学用途，在法国的拉斯考克斯山洞发现的壁画描述了药草的使用，按照放射性碳定年法，这可追溯到公元前13,000至25,000年。 随着时间的过去，经过反复的试验，早期的部落群体对药草学有了初步的认识。经过了许多世代，随着知识的扩展，部落文化发展成许多专门的领域。从事这项‘专业’的人被称为‘萨满’或巫师。[1]
印度的医学
在巴基斯坦，考古学家发现在印度河流域文明的人，即使在早期的哈拉帕时期（公元前3300年）已经有了医学和牙医学的知识。 阿育吠陀是源自2000年前的南亚的医学。[4]它两个最著名的文献包括了《印度药书》（Charaka Samhita）和《外科书》（Sushruta Samhita）虽然这些著作表达的源自吠陀经的一些医学看法极其有限，历史学家有能力示范早期的阿育吠陀与早期的佛教和耆那教直接的历史关系。看起来阿育吠陀最早的基础建立于公元前两千年的古代药草实习综合及源自公元前400年以后的包括佛陀在内的思想家的大量理论的概念的形成、新的疾病分类学和新的治疗法。
根据《印度药书》健康和疾病不是预先决定的，人类的努力可使生命延长《外科书》定义医学的目的为治疗病人的疾病、保护健康的人及延长生命。这两部古老的文献包括了检查、诊断、治疗及预后（对疾病的发作及结果的预言）的详情。《外科书》著名在描述各种形式的手术，包括鼻成形术、毁坏的耳垂的修复、会阴膀胱切石手术、白内脏外科及一些其它的切除术和手术过程。
阿育吠陀谈及医学的八个分支：内科医学、外科（包括解剖学）、眼、耳鼻喉和头部等疾病与治疗、小儿科、精神病学和心身症、毒物学、返老还童之术及催情之术。
除了学习这些，阿育吠陀的学生被认为知道在准备和应用医学不可缺少的十门技术：蒸馏、操作技巧、烹饪、园艺、冶金术、制糖、药剂学、矿物的分析与准备、金属的混合和碱的准备。不同的科目是在教导相关的门诊科目时教导。例如：解剖学的教育包括在外科的教育内。
在入会仪式结束时，老师将给一个严肃的致词，指引学生到一个纯洁、诚实及素食的生活。学生为了病人的健康而努力奋斗。他不能为了自己的利益背叛病人。他必须衣着端正及避免饮酒。他必须保持镇定和自制，时时刻刻衡量自己的谈话。他必须持续地增加自己的知识和技术。在病人的家他必须有礼貌及谦虚。如果病人无法治疗，他必须保密如果可能伤害到病人或其他人。学生正常的训练期看起来长达七年。在毕业之前，学生必须通过一项考试。然而，医生必须继续通过文字、直接的观察及推论来学习。此外，医生也必须出席会议以交换知识。医生也被命令从山上的人、牧人及住在森林的人获取知识。[4]
埃及的医学
主词条：古埃及医学
包含在艾德温·史密斯纸草文稿的医学知识可以追溯到公元前3000年。手术被知道最早在大约公元前2750年在埃及进行。埃及第三王朝的印何阗有时候被誉为埃及医学的创始人及详细说明了治疗、疾病和解剖学的观察的艾德温·史密斯纸草文稿的原作者。[5]成书于大约公元前1600年的艾德温·史密斯纸草文稿被看作是一些早期著作的集合。那是一本关于外科学的课本，几乎完全缺乏了关于魔法的思想，详细地描述了检查、诊断和预后。
相反地，《埃及伯斯纸草文稿》[6]（成书于大约公元前1550年）充满了咒语、驱赶造成疾病的恶魔的方法和其他的迷信。《埃及伯斯纸草文稿》可能是最早记录了肿瘤的文件，但是由于对于古代医学术语缺乏了解，它可能只是指简单的肿胀。 《卡阍城妇科纸莎草文稿》 对女人的投诉和问题有了概念。三十四宗个案详细地描述了治疗和诊断。（一些并不完整）已知被称为“生命之屋”的医疗机构早在埃及第一王朝的古埃及被建立起来。在埃及第十九王朝时，一些工人享受的利益如医疗保险、退休金和病假。
已知最早的医生是公元前27世纪的古埃及法老左塞尔的Hesyre的“牙医和医生的长官”Hesyre。同样，已知最早的女医生——Pessechet在埃及第四王朝时期的古埃及实行医术。她的头衔是“女医生的女管理人”。除了作为管理人的角色，她也让在塞易斯的医学院的接生员们毕业。[7]
巴比伦的医学
最古老的关于医学的巴比伦文献可追溯到公元前2000年的前半部的古巴比伦时期。最详尽的巴比伦医学文献却是在巴比伦国王Adad-apla-iddina（公元前1069年至1046年）统治时期的由博尔西帕城的医生Esagil-kin-apli所写的《诊断手册》。
随同当代古埃及医学，巴比伦人介绍了诊断、预后、身体检查和药方的概念。此外，《诊断手册》介绍了治疗和病因学的方法及经验主义、逻辑学和诊断、预后和治疗的合理性的使用。此文献包含了一份含有许多病症的名单并经常详述了试验上的观察和用来结合在病人身上所观察的病症与其诊断及预后的合理的规则。 《诊断手册》以一组合理的公理和假设为基础，其中包括了一些现代看法即通过视察病人的症状，我们可能确定病人的疾病、病因、病情的发展及复原的机会。病人的病症及疾病可通过一些医学上的方法如绷带、油和药丸来治疗。[8]
波斯的医学
波斯的医学的学习与实施有一个长且成果丰硕的历史。波斯在东西方的交叉处的位置使它成为古希腊和印度医学发展的中心。许多贡献被加入到这个知识体中在伊朗被伊斯兰化之前及之后。 波斯的第一代医生在Jundishapur学院接受训练。医学医院有时候被声称已被发明。例如：腊泽斯成为第一位系统地使用在医学用途上使用酒精的医生。
《医学全书》是一本由伊朗化学家腊泽斯编纂的最完整的书。在这本书里，腊泽斯记录了来自他自己经验的临床个案和提供了各种疾病非常有用的记录。 介绍了麻疹和天花的由腊泽斯编纂的《Kitab fi al-jadari wa-al-hasbah》在欧洲具有非常大的影响力。[9]
Mutazilite （一间伊斯兰教神学学校）哲学家和医生阿维森纳是另一位具有影响力的人物。他的《医学正典》有时候被认为是医学史上最著名的书。它曾经是欧洲的标准书本直到启蒙时代。[9]
中国的医学
中国也发展了一个巨大的传统医学体系。许多传统的中国医学的哲学源自道教的医生对疾病做实际的观察，并反映了经典的中国人信仰，即人类的体验表达了起因的原则能影响所有程度的环境。这些起因的原则，无论是物质的、精神的或神秘的，以宇宙的自然秩序的表达有因果关系。
《黄帝内经》记述了在公元前2696年至2598年间，黄帝与岐伯关于医药健康的谈话，传统上被认为是中医学最早的系统专著。[10]然而经考证其成书年代约在东周到西汉的时期，也受到当时的哲学思想所影响，可以说是提纲挈领的指导了中医的理论。
在汉朝时，作为长沙太守的张仲景在公元2世纪末编纂了《伤寒杂病论》。[11]晋朝针灸学的提倡者皇甫谧也在他的《黄帝三部针灸甲乙经》（《针灸甲乙经》）提起了黄帝[12]。在唐朝时期，王冰声称找到了黄帝内经的原著，并大量地扩充和修改了它。在公元11世纪（宋朝），因为朝廷的命令，《黄帝内经》再次被修订成接近今天的版本。这本经典是传统中国医学基础的重要代表作品。[13]
希伯来人的医学
我们大部分对于希伯来人的医学的认识来自于《摩西五经》。它包含了包含了各种与健康有关的法律和仪式，例如隔离受到感染的病人、处理了尸体后需洗澡及将排泄物和粪便埋在远离营地的地方。尽管遵守这些条规确实为健康带来好处，但犹太教徒相信执行这些仪式和禁忌纯粹是为了完成上帝的意愿，而没有隐藏的意图。Max Neuberger 在他的《医学的历史》说：“这些条规关注疾病的预防、流行病的抑制、性病和卖淫的抑制、皮肤的照顾、洗澡、食物、住所与衣服、劳工条规、性生活、人民的纪律等。这些条规中的许多条规例如：安息日的休息、行割礼（犹太教和穆斯林教的宗教仪式，在仪式里进行割包皮活动）、关于食物的法律（禁止猪肉和血）、关于月经、临盆妇女和淋病患者的条规、麻风病患者的隔离和露营的保健，考虑到天气的情况，令人意外的合理。”[14]（Neuburger的《医学的历史》，牛津大学出版社，1910年，第一卷，第38页）
希腊罗马的医学
自从在1991年在奥地利及意大利的阿尔卑斯山上发现了冰人奥茨，人们已经认为医学的历史已经变得更加长。他大约46岁，在身上超过40处有纹身。大部分纹身所坐落的位置是在医学分析也显示她曾经有过的疾病或疼痛如关节炎的地方。他的死亡发生在公元前3300年，而他的尸体是欧洲所保存的最古老的木乃伊，如今被保留在波尔查诺的博物馆中。希腊时代曾经有几十年的时间法律允许医生可以将奴隶或犯人活活解剖来做研究，但后来又禁止活人解剖。
因为亚洲和欧洲社会的发展，信仰系统被不同的自然系统所取代。希腊人自希波克拉底开始就发展了一个体液医学系统，治疗被认为是恢复体内体液的平衡。《古代医学》一部关于医学专题著作，由希波克拉底大约于公元前400年所编纂。类似的看法在中国和印度也得到支持。在希腊，自从盖伦直到文艺复兴时期，医学的要旨是通过控制饮食和卫生来维护健康。解剖学的知识非常有限，只有很少外科或其他治疗。靠着和病人的良好关系，医生处理微小的病痛及安慰病人恶劣的情况，但在发生流行病时，一开始发生在城市和动物的驯养，然后在全世界流行，医生的作用不大。
希波克拉底被看作是现代医学之父，而他的跟随者首先描述许多疾病及医学状况。他被赋予荣誉因为他首先描述了杵状膨大（手指与脚趾的末端扩大，指甲闪闪发亮且不正常弯曲的情形），是慢性化脓肺病、肺癌和发绀的心脏病的重要症状。因为这个原因，畸形的手指有时候被称为“希波克拉底的手指”。希波克拉底也是第一位在预后描述“希波克拉底的脸”的医生。莎士比亚在《亨利五世》（戏剧）中在描述法斯塔夫之死时著名地间接提到对“希波克拉底的脸”的描述。
希波克拉底将疾病分类成急性、慢性、地方性及流行性并使用了术语例如恶化、复发、消退、病情急转、突发、巅峰和康复。另一个希波克拉底的主要贡献可以在症状学、物理的发现、外科治疗和胸积脓症的预后的描述中找到。希波克拉底是第一位备有文件证明的胸外科医生，而他的发现仍然正确。
盖伦进行了许多大胆创新的手术，包括脑和眼的手术，在那之后的大约两千年没有人尝试进行过脑和眼的手术。后来在中世纪的欧洲，盖伦在解剖学的文章成为中世纪医生的大学课程的支柱，然而他们在医学的发展停滞不前。然而在16世纪30年代，比利时的解剖学家和医生安德烈亚斯·维塞利亚斯进行了一项将许多盖伦用希腊文书写的文章翻译成拉丁文的计划。维塞利亚斯最著名的作品——《人体结构》极大地受到盖伦的文章的影响。盖伦和阿维森纳的作品尤其是包含了他们两人的学说的《医学正典》被翻译成拉丁文。《医学正典》维持为欧洲医学教育最具权威的书直到 16世纪。
罗马人发明了许多外科器械，包括第一个特别给女人的器械，而且在外科上使用了钳子、手术刀、烧灼剂、剪刀、缝针、探针和扩张器。罗马人也是白内障手术的先驱者。[15]
中世纪的医学逐步发展的科学和宗教的混合物。在早期的中世纪，随着罗马帝国的灭亡，标准的医学知识主要基于仅存的保存在修道院或其它地方的希腊和罗马的文章。关于疾病的治疗和起源的概念并不是完全是世俗的，而也基于宗教的看法。因素例如命运、罪恶和星的影响被认为和物理因素相当。
欧利修巴斯是拜占庭帝国最伟大的医学知识编纂者。一些他和其他拜占庭帝国的医生的作品被翻译成拉丁文，甚至到了启蒙时代和理性的时代，被翻译成英文和法文。最后一位伟大的拜占庭帝国的医生是居住在14世纪早期的君士坦丁堡的Actuarius。[16]
医学显然不是博雅教育的七大范畴之一，因此被看成是手工艺甚于科学。然而，医学、法律学和神学分别是欧洲12世纪的第一所大学的学院。 Rogerius Salernitanus的《外科的实施》，为现代外科手册奠定了基础。现代神经学的发展开始于16世纪的描述了脑部构造和其他的维塞利亚斯。他对它的功能缺乏概念，并认为它主要被放置在脑室。
伊斯兰教的医学
伊斯兰教的文明着重在医学因为伊斯兰教徒医生对医学的各领域（包括解剖学、眼科学、药理学、药学、生理学、外科学和制药的科学（Pharmaceutical Sciences））有着重大的贡献。阿拉伯人进一步发展了希腊人和罗马人的医学的实施。胡纳因伊本伊沙克和他的助理将希腊医生盖伦的作品翻译成阿拉伯文。此作品尤其是盖仑所坚持的合理和系统的医学方法为伊斯兰教的医学设置了模板。伊斯兰教医学迅速传遍整个阿拉伯帝国。伊斯兰教徒医生设置了最早的医院。欧洲在十字军东征时期受到中东的影响而建立了医院。
肯迪在他所编纂的De Gradibus展示了数学在医学上的应用，尤其是在药理学。这包括了数学上的发展去测定药物的强度和一个能让医生预先知道病人的病的最重要的那几天的系统。腊泽斯辑录了许多依据他自己经验的临床个案和提供了很有用的关于许多疾病的记录。他的《医学全书》介绍了麻疹和天花，并在欧洲非常有影响力。在他的《对于盖伦的疑惑》中，腊泽斯是第一个运用实验方法证明盖伦的体液理论和亚里士多德的四元素说的错误。
宰赫拉威被看成是现代外科学之父。他编纂了《医学的方法》（阿拉伯语：كتاب التصريف لمن عجز عن التأليف）。那是一本30卷的医学百科全书。伊斯兰教徒和欧洲人的医学院都有教授这本书直到17世纪。他用了许多外科器械，包括那些特别给女人的器械、肠线、钳子、结扎线、外科针、手术刀、刮匙、牵引器、外科匙、探针、外科钩、扩张器、锯和石膏。
阿维森纳被认为是现代医学之父和历史上其中一个最伟大的思想家和医学学者。他编纂的《医学正典》（1020年，阿拉伯语：القانون في الط，亦作《回回药方》和[17]《治疗之书》（11世纪，阿拉伯语：الشفاء）维持了作为伊斯兰教徒和欧洲人的标准课本直到17世纪。阿维森纳的贡献包括在研究生理学中介绍了系统的实验和测量、通过接触传染的传染病的发现、隔离的介绍以限制通过接触传染的疾病的传播、试验中的药物和临床实验的介绍、首次关于细菌和病毒的介绍、从胸膜炎中区分出纵隔、结核能通过接触传染的特性、通过水和土壤传播的疾病、首次对皮肤疾病的详细描述、性病、性反常、神经病、用冰来治疗发热和从药理学中区分出医学。从药理学中区分出医学对于制药的科学的发展非常重要。[18]
近现代生物医学
近学医学的革命基于自然科学的发展，由于是化学和生物学的发展，过去的感染理论，被细菌学和病毒学所取代 从生态系统研究、坎农的体液稳态原理发展了最早的系统思维，维纳发展了控制论，还艾什比从大脑生理学创立的稳态模型类似于中医的五行相生相克模型。贝塔郎菲创立系统论和理论生物学后，系统生态学（1966年）、系统生理学（1973年）、系统生物医学（1992年）、系统生物学（1993年）、系统生物工程（1994年）、系统遗传学（1994年）等学科概念先后诞生。1968年国际上召开了系统理论与生物学（systems theory and biology）会议，1989年美国召开了生物化学系统理论与计算生物模型研究的国际会议。
上世纪80-90年代，中国科学哲学届举办了系列系统科学、综合哲学与中国哲学、中医药学的学术研讨会。1992年4月在广州中医药大学，中国自然辩证法研究会和《医学与哲学》杂志社举办了首届中西医学比较研究学术研讨会，会议主要讨论西方综合医学（社会-心理-生物）模式的形成与中医药的机遇与危机，曾（杰）邦哲“论中西结合全息医学人体结构模式”（后编入1994年5月《结构论》）讨论了中西医学融合形成系统心理学以及实验和系统医学与药物学（systems medicine）的范式。
1992年出版了Titchener的系统心理学（70-80年代文稿），1992年第4季度Kamada T.发表了系统生物医学概念，1993年Zieglgansberger W和Tolle TR论述了系统生物学（systems biology）的神经生物学与病理学应用。1999年中国科学家曾邦哲（曾杰）在德国创建了首家系统生物科学（及系统医药学）与工程网，2000年日本Sony公司主办了国际系统生物学会议，2000年美国胡德院士创建了第1家系统生物学研究所。
21世纪伊始，系统生物学和系统医学的研究机构纷纷建立，从而医学步入了系统医药学的时代，并将带来中医药现代化和产业规模化的巨大前景。[19]